Таргетное секвенирование ткани опухоли больных немелкоклеточным неплоскоклеточным раком легкого в Российской Федерации

Научным организатором проекта является Национальное общество онко-пульмонологов (АНО «НООП»).

Цель проекта:

Повышение доступности секвенирования нового поколения в диагностике пациентов с немелкоклеточным неплоскоклеточным раком легкого в России.

О проекте:

В настоящее время большое практическое значение имеет молекулярно-генетическое исследование аденокарцином легкого, которое обуславливает индивидуализацию лечебной тактики. В России сегодня в реальной практике доступна таргетная терапия НМРЛ направленно воздействующая на молекулярно-генетические нарушения в 4 генах EGFR, ALK, ROS-1, BRAF, поддержанная национальными клиническими рекомендациями. Однако, в ближайшей перспективе мы ожидаем расширение числа терапевтических опций в клинических рекомендациях в связи с одобрением новых таргетных препаратов. Новыми мишенями для таргетной терапии будут KRAS, EGFR 18-21 экзон (редкие варианты), NTRK1-3, FGFR2/3, MET, RET, HER2 – 20 экзон.

При этом важнейшим фактором является время. Серьезным препятствием для определения всего спектра мутаций является существующий алгоритм последовательного тестирования от наиболее частых к более редким мишеням. В результате такого подхода до определения редких генетических нарушений доходит лишь незначительная часть образцов, и даже в случае получения позитивного результата он зачастую становится известен слишком поздно, на фоне значимого ухудшения состояния пациента. Кроме того последовательное молекулярно-
генетическое тестирование ограничено зачастую дефицитом исходного биоматериала, что приводит к вынужденному выборочному тестированию. В связи с этим необходим новый подход, позволяющий проанализировать статус мутаций во всех интересующих генах одновременно из одного образца биоматериала — секвенирование нового поколения (NGS).

Секвенирование нового поколения представляет собой технологию, основанную на различных методах, объединенных общим принципом — параллельное секвенирование множества отдельных фрагментов ДНК, выделенной из одного биологического образца. Это позволяет получить информацию о множестве молекулярно-генетических маркеров (вплоть до полногеномного секвенирования) в небольшом количестве биоматериала, что актуально для клинической практики. Данный проект подразумевает молекулярно-генетическое тестирование образцов ткани пациентов с распространенным немелкоклеточным
неплоскоклеточным раком легкого с использованием NGS.

Задачи проекта:

  1. Разработать цикл движения биоматериала в процессе молекулярно-генетического тестирования от направления до получения результата исследования
  2. Создание информационной системы для учета и анализа полученных результатов проекта
  3. Сравнительная оценка одномоментного (исследование РНК) и последовательного (анализ ДНК, а затем РНК) методов с учетом временных и финансовых параметров
  4. Оценка ресурсных возможностей лабораторий, включенных в проект
  5. Комплексный анализ полученных результатов с целью формирования запроса на включение метода секвенирования нового поколения в Программу государственных гарантий для пациентов с немелкоклеточным неплоскоклеточным раком легкого

В рамках проекта планируется протестировать 500 пациентов с распространенным немелкоклеточным неплоскоклеточным раком легкого. Предполагается тестирование тканевого образца на мутации EGFR, ALK, ROS1, BRAF, KRAS, NTRK1-3, FGFR2/3, MET, RET, HER2 – 20 экзон методом секвенирования нового поколения.

Дизайн и схема исследования:

Проспективное, многоцентровое, открытое, нерандомизированное

Критерии включения:

  1. Биоматериал (опухолевая ткань) пациентов с немелкоклеточным неплоскоклеточным раком легкого III-IV стадий, с ожидаемой продолжительностью жизни не менее 3 месяцев, не исчерпавших возможности лекарственного противоопухолевого лечения
  2. Наличие направления из лечебного учреждения
  3. Информированное согласие пациента

Контроль качества NGS-тестирование в лабораториях проекта:

Проведение в лабораториях проекта NGS-тестирования отобранных «заслепленных» 10 образцов опухоли с известными результатами тестирования на платформе Foundation One: 5 образцов с наличием таргетных мутаций, 5 образцов без таргетных мутаций проекта.

Этапность анализа образцов опухолей пациентов с немелкоклеточным неплоскоклеточным раком легкого III-IV стадий в рамках проекта:

  1. Предоставление биоматериала в сопровождении направления из лечебного учреждения
  2. Патоморфологический пересмотр образца биоматерила в лабораториях-участниках проекта
  3. Тестирование опухолевой ткани одномоментным (исследование РНК) или последовательным (исследование ДНК, а затем РНК) методами на мутации EGFR, ALK, ROS1, BRAF, KRAS, NTRK1-3, FGFR2/3, MET, RET, HER2 – 20 экзон. При последовательном тестировании при выявлении таргетных мутаций на первом этапе, дальнейшее тестирование не выполняется. При исследовании используются диагностические панели лаборатории по согласованию с руководителями проекта. Время тестирования биоматериала в лаборатории не должно превышать 3-х недель от момента поступления биоматериала в лабораторию.
  4. При наличии достаточного объема диагностического материала проводится определение уровня экспрессии PD-L1
  5. Передача результатов тестирования в лечебное учреждение и в центр проведения исследования
  6. Возврат блоков на хранение

Материалы и методы:

Метод молекулярно-генетического тестирования – секвенирование нового поколения (NGS-тестирование)

Этапы (январь 2023 года – июнь 2024 года)

  1. Разработка информационной системы
  2. Разработка цикла движения биоматериала в процессе молекулярно-генетического тестирования от направления до получения результата исследования
  3. Сравнительная оценка методов NGS-тестирования: одномоментного (РНК-исследование) и последовательного (ДНК, а затем РНК исследований)
  4. Оценка ресурсных возможностей лабораторий, включенных в проект
  5. Комплексный анализ полученных результатов с целью формирования запроса на включение метода секвенирования нового поколения в Программу государственных гарантий для пациентов с немелкоклеточным неплоскоклеточным раком легкого
  6. Подготовка статистического анализа и финального отчета по исследованию
  7. Подготовка публикации по результатам проекта.

Полученные в ходе проекта данные позволят:

  • Создать логистическую цепочку движения биоматериала при диагностике пациентов с немелкоклеточным неплоскоклеточным раком легкого
  • Определить сроки исследований и экономическую целесообразность при использовании одномоментного (РНК-исследование) и последовательного (ДНК, а затем РНК исследований) методов NGS-тестирования
  • Получить информацию о генетическом потрете пациентов российской
  • Оценить ресурсные возможности лабораторий в реальной практике
  • Разработать стандартизованные формы отчета о проведенном тестировании
  • Создать аналитическую базу для внедрения метода секвенирования нового поколения в широкую практику при диагностике пациентов с немелкоклеточным неплоскоклеточным раком легкого в России с перспективой введения NGS-тестирования в Программу государственных гарантий РФ.

Партнеры проекта: