Цель проекта:
Повышение доступности секвенирования нового поколения в диагностике пациентов с немелкоклеточным неплоскоклеточным раком легкого в России.
О проекте:
В настоящее время большое практическое значение имеет молекулярно-генетическое исследование аденокарцином легкого, которое обуславливает индивидуализацию лечебной тактики. В России сегодня в реальной практике доступна таргетная терапия НМРЛ направленно воздействующая на молекулярно-генетические нарушения в 4 генах EGFR, ALK, ROS-1, BRAF, поддержанная национальными клиническими рекомендациями. Однако, в ближайшей перспективе мы ожидаем расширение числа терапевтических опций в клинических рекомендациях в связи с одобрением новых таргетных препаратов. Новыми мишенями для таргетной терапии будут KRAS, EGFR 18-21 экзон (редкие варианты), NTRK1-3, FGFR2/3, MET, RET, HER2 – 20 экзон.
При этом важнейшим фактором является время. Серьезным препятствием для определения всего спектра мутаций является существующий алгоритм последовательного тестирования от наиболее частых к более редким мишеням. В результате такого подхода до определения редких генетических нарушений доходит лишь незначительная часть образцов, и даже в случае получения позитивного результата он зачастую становится известен слишком поздно, на фоне значимого ухудшения состояния пациента. Кроме того последовательное молекулярно-
генетическое тестирование ограничено зачастую дефицитом исходного биоматериала, что приводит к вынужденному выборочному тестированию. В связи с этим необходим новый подход, позволяющий проанализировать статус мутаций во всех интересующих генах одновременно из одного образца биоматериала — секвенирование нового поколения (NGS).
Секвенирование нового поколения представляет собой технологию, основанную на различных методах, объединенных общим принципом — параллельное секвенирование множества отдельных фрагментов ДНК, выделенной из одного биологического образца. Это позволяет получить информацию о множестве молекулярно-генетических маркеров (вплоть до полногеномного секвенирования) в небольшом количестве биоматериала, что актуально для клинической практики. Данный проект подразумевает молекулярно-генетическое тестирование образцов ткани пациентов с распространенным немелкоклеточным
неплоскоклеточным раком легкого с использованием NGS.
Задачи проекта:
- Разработать цикл движения биоматериала в процессе молекулярно-генетического тестирования от направления до получения результата исследования
- Создание информационной системы для учета и анализа полученных результатов проекта
- Сравнительная оценка одномоментного (исследование РНК) и последовательного (анализ ДНК, а затем РНК) методов с учетом временных и финансовых параметров
- Оценка ресурсных возможностей лабораторий, включенных в проект
- Комплексный анализ полученных результатов с целью формирования запроса на включение метода секвенирования нового поколения в Программу государственных гарантий для пациентов с немелкоклеточным неплоскоклеточным раком легкого
В рамках проекта планируется протестировать 500 пациентов с распространенным немелкоклеточным неплоскоклеточным раком легкого. Предполагается тестирование тканевого образца на мутации EGFR, ALK, ROS1, BRAF, KRAS, NTRK1-3, FGFR2/3, MET, RET, HER2 – 20 экзон методом секвенирования нового поколения.
Дизайн и схема исследования:
Проспективное, многоцентровое, открытое, нерандомизированное
Критерии включения:
- Биоматериал (опухолевая ткань) пациентов с немелкоклеточным неплоскоклеточным раком легкого III-IV стадий, с ожидаемой продолжительностью жизни не менее 3 месяцев, не исчерпавших возможности лекарственного противоопухолевого лечения
- Наличие направления из лечебного учреждения
- Информированное согласие пациента
Контроль качества NGS-тестирование в лабораториях проекта:
Проведение в лабораториях проекта NGS-тестирования отобранных «заслепленных» 10 образцов опухоли с известными результатами тестирования на платформе Foundation One: 5 образцов с наличием таргетных мутаций, 5 образцов без таргетных мутаций проекта.
Этапность анализа образцов опухолей пациентов с немелкоклеточным неплоскоклеточным раком легкого III-IV стадий в рамках проекта:
- Предоставление биоматериала в сопровождении направления из лечебного учреждения
- Патоморфологический пересмотр образца биоматерила в лабораториях-участниках проекта
- Тестирование опухолевой ткани одномоментным (исследование РНК) или последовательным (исследование ДНК, а затем РНК) методами на мутации EGFR, ALK, ROS1, BRAF, KRAS, NTRK1-3, FGFR2/3, MET, RET, HER2 – 20 экзон. При последовательном тестировании при выявлении таргетных мутаций на первом этапе, дальнейшее тестирование не выполняется. При исследовании используются диагностические панели лаборатории по согласованию с руководителями проекта. Время тестирования биоматериала в лаборатории не должно превышать 3-х недель от момента поступления биоматериала в лабораторию.
- При наличии достаточного объема диагностического материала проводится определение уровня экспрессии PD-L1
- Передача результатов тестирования в лечебное учреждение и в центр проведения исследования
- Возврат блоков на хранение
Материалы и методы:
Метод молекулярно-генетического тестирования – секвенирование нового поколения (NGS-тестирование)
Этапы (январь 2023 года – июнь 2024 года)
- Разработка информационной системы
- Разработка цикла движения биоматериала в процессе молекулярно-генетического тестирования от направления до получения результата исследования
- Сравнительная оценка методов NGS-тестирования: одномоментного (РНК-исследование) и последовательного (ДНК, а затем РНК исследований)
- Оценка ресурсных возможностей лабораторий, включенных в проект
- Комплексный анализ полученных результатов с целью формирования запроса на включение метода секвенирования нового поколения в Программу государственных гарантий для пациентов с немелкоклеточным неплоскоклеточным раком легкого
- Подготовка статистического анализа и финального отчета по исследованию
- Подготовка публикации по результатам проекта.
Полученные в ходе проекта данные позволят:
- Создать логистическую цепочку движения биоматериала при диагностике пациентов с немелкоклеточным неплоскоклеточным раком легкого
- Определить сроки исследований и экономическую целесообразность при использовании одномоментного (РНК-исследование) и последовательного (ДНК, а затем РНК исследований) методов NGS-тестирования
- Получить информацию о генетическом потрете пациентов российской
- Оценить ресурсные возможности лабораторий в реальной практике
- Разработать стандартизованные формы отчета о проведенном тестировании
- Создать аналитическую базу для внедрения метода секвенирования нового поколения в широкую практику при диагностике пациентов с немелкоклеточным неплоскоклеточным раком легкого в России с перспективой введения NGS-тестирования в Программу государственных гарантий РФ.
Партнеры проекта:



